การฝังเข็มเพื่อรักษาโรคเชื่อว่ามีกำเนิดมาจากที่มนุษย์ในสมัยตึกดำบรรพ์รู้จักใช้มือหรือก้อนหินทุบบนร่างกายที่เจ็บปวดช่วยให้อาการทุเลาลง ต่อมาก็มีการปรับปรุงหินเหล่านี้ให้บางลง เรียกว่า เปียนสือ หลักฐานเก่าแก่ที่สุดของการฝังเข็มคือ มีการขุดพบเปียนสือในซากโบราณสถานสมัยหินใหม่อายุไม่ต่ำกว่า 4,000 ปี ต่อมาเมื่อมนุษย์รู้จักการหลอมโลหะ จึงมีการประดิษฐ์เข็มที่ทำด้วย ทองแดง เหล็ก ทองคำ เงิน ในมณฑลเหอเป่ยได้ขุดพบเข็มทองคำและเข็มเงินในสุสานโบราณยุค 113 ปี ก่อน ค.ศ. สมัยราชวงค์ฮั่น ( 206 ปี ก่อน ค.ศ.- ค.ศ. 220)  มีตำราการแพทย์แผนจีนเล่มเก่าแก่ที่สุดที่ตกทอดมาถึงปัจจุบัน คือ หวงตี้เน่ยจิง ได้กล่าวถึงทฤษฎีระบบเส้นลมปราณ โรคจากความผิดปกติของเส้นลมปราณ ตำแหน่งและการหาจุดฝังเข็ม การรักษาโรคด้วยการฝังเข็มและรมยา และได้มีพัฒนาการในการแต่งตำราการฝังเข็มเพิ่มขึ้นเรื่อย จนถึงยุคของราชวงศ์หมิง (ค.ศ.1368-1644)  เป็นยุคเฟื่องฟูของศิลปะการฝังเข็ม มีการแต่งตำราฝังเข็มมากมาย ที่สำคัญมากคือ เจินจิ่วต้าเฉิง แต่งโดยหยางจี้โจว ตำรานี้บรรยายรายละเอียดข้อบ่งใช้ในการรักษาโรคด้วยจุดฝังเข็มต่างๆ ซึ่งมาจากการรวบรวมประสบการณ์ของแพทย์ฝังเข็มในอดีต มีการใช้ตำราเจินจิ่วต้าเฉิงศึกษาอ้างอิงอย่างแพร่หลายจนถึงปัจจุบัน

        สมัยราชวงศ์ชิง (ค.ศ. 1644-1911) ชาตินักล่าอาณานิคมค่อยๆ รุกรานประเทศจีน และได้นำการแพทย์แผนปัจจุบันเข้ามาเผยแพร่ ปลายสมัยราชวงศ์ชิงการฝังเข็มเข้าสู่ยุคเสื่อมถอย เพราะไม่ได้รับความสนใจเชื่อถือจากราชสำนัก ค.ศ.1822  ราชวงศ์ชิงยกเลิกการฝังเข็มในราชสำนัก  และเมื่อประเทศจีนเข้าสู่ยุคของสาธารณรัฐจีน (ค.ศ. 1911-1949)   ค.ศ.1929  รัฐบาลประกาศยกเลิกการฝังเข็ม ถือว่าการฝังเข็มเป็นการแพทย์ที่ล่าสมัยและไม่มีประโยชน์ แต่ในทางกลับกันในต่างประเทศกลับมีผู้สนใจเพิ่มมากขึ้น ในแถบยุโรบ เอเชีย และ แอฟริกา ได้มี ในปี ค.ศ.1683 ดร.อี แคมป์เฟอร์ ชาวเยอรมัน ได้นำวิชาฝังเข็มรมยาไปเผยแพร่ในประเทศเยอรมัน และในปี ค.ศ.1863  ได้มีการตีพิมพ์หนังสือชื่อ “The medicine of china”  ในประเทศฝรั่งเศส ซึ่งในหนังสือเล่มนี้มีรายละเอียดของการฝังเข็มรมยาด้วย

        ต่อมาในยุคสมัยของเหมาเจ๋อตุงและพรรคคอมมิวนิสต์จีน ได้กลับมาตระหนักถึงความสำคัญของศิลปะการฝังเข็ม เพราะ ประหยัด สะดวก ปลอดภัย และผลการรักษาดี จึงได้ฟื้นฟูสถานพยาบาลและสถาบันฝึกอบรมการแพทย์แผนจีนและการฝังเข็มขึ้นทั่วประเทศ ในปีทศวรรษที่ 1960 มีการฝังเข็มเพื่อระงับความรู้สึกระหว่างผ่าตัด ซึ่งทำให้คนทั่วโลกตกตะลึงและหันมาสนใจการฝังเข็มมากขึ้น  มีการศึกษาวิจัยกลไกที่การฝังเข็มมีผลต่อการปรับการทำงานของระบบต่างๆ ในร่างกาย การเพิ่มภูมิต้านทานโรค การระงับความเจ็บปวด
        การฝังเข็มได้แพร่หลายสู่ทวีปยุโรปในคริสต์ศตวรรษที่ 17
        ค.ศ.1829 Franklin Bache แปลตำราฝังเข็มจากภาษาฝรั่งเศสเป็นภาษาอังกฤษแล้วตีพิมพ์แพร่หลายในสหรัฐอเมริกา ทำให้ศาสตร์ฝังเข็มเริ่มเป็นที่รู้จักในสหรัฐอเมริกา
        ค.ศ.1972 ประธานาธิบดีนิกสันแห่งสหรัฐอเมริกาไปเยือนสาธารณรัฐประชาชนจีน การเปิดประเทศจีนครั้งนี้  ทำให้การฝังเข็มได้รับความสนใจไปทั่วโลกอีกครั้งหนึ่ง
        ค.ศ. 1979 องค์การอนามัยโลกกำหนดรายชื่อโรคจำนวน 43  โรค ที่รักษาได้ด้วยการฝังเข็มเป็นอีกทางเลือกหนึ่ง
        ค.ศ.1995 องค์การอนามัยโลกกำหนดรายชื่อโรคที่รักษาได้ผลด้วยการฝังเข็มเพิ่มเติมอีกหลายโรค
การแพทย์แผนจีนและการฝังเข็มรมยาในประเทศไทย
                 การแพทย์แผนจีนเข้าสู่ประเทศไทยพร้อมกับการย้ายถิ่นฐานของชาวจีนมาสู่ประเทศไทยตั้งแต่สมัยกรุงสุโขทัย ซึ่งตรงกับปลายสมัยราชวงศ์หยวน (ค.ศ.1206-1368 ) และราชวงศ์หมิง (ค.ศ. 1368-1644) ต่อมาในปลายราชวงศ์ชิง และสมัยสาธารณรัฐจีน เนื่องจากประเทศจีนถูกรุกรานจนกลายเป็นประเทศกึ่งอาณานิคม ความวุ่นวายทางการเมืองและความยากจนแร้นแค้นภายในประเทศจีน ทำให้ชาวจีนมีการอพยพไปต่างประเทศรวมทั้งประเทศไทย ทำให้การฝังเข็มได้เข้าสู่ประเทศไทยด้วย
                 บุคคลที่มีบทบาทสำคัญในการบุกเบิกวิชาฝังเข็มในประเทศไทยได้แก่ ศาสตราจารย์แพทย์หญิงคุณหญิงฉลาด ทัพวงศ์ ซึ่งท่านได้เดินทางไปเรียนวิชาฝังเข็มจากประเทศจีน แล้วกลับมาตั้งแผนกฝังเข็มและระงับความเจ็บปวดขึ้นที่โรงพยาบาลศิริราช เมื่อพ.ศ.2517 ซึ่งถือเป็นครั้งแรกที่มีการนำเอาวิชาฝังเข็มเข้ามาสู่ระบบการแพทย์แผนปัจจุบันของประเทศไทย    หลังจากนั้นได้มีแพทย์เดินทางไปฝึกอบรมวิชาฝังเข็มจากประเทศจีนมากขึ้นเป็นระยะๆ และได้นำการฝังเข็มเข้ามารักษาตามโรงพยาบาลต่างๆ ทำให้การฝังเข็มเป็นที่รู้จักในประเทศไทยมากขึ้น
         พ.ศ. 2540 กระทรวงสาธารณสุขของไทยก็เล็งเห็นประโยชน์ของวิชาฝังเข็มที่จะเอามาใช้รักษาโรคให้แก่ผู้ป่วย จึงขอความร่วมมือจากรัฐบาลจีนจัดอบรมแพทย์ฝังเข็มขึ้นในประเทศไทย โดยมี นายแพทย์ชวลิต สันติกิจรุ่งเรือง เป็นผู้มีบทบาทสำคัญในการดำเนินการ และได้มีการอบรมต่อเนื่องสืบมาจนปัจจุบัน

         เพื่อให้ประชาชนได้รับการรักษาด้วยการฝังเข็มที่ถูกต้องตามมาตรฐานหลักวิชาทางการแพทย์  ในวันที่ 30 มิถุนายน  2543 จึงได้มีกฎหมายกำหนดให้ผู้ที่จะประกอบวิชาชีพเวชกรรมฝังเข็มได้นั้นจะต้องเป็นแพทย์ที่ได้ผ่านการขึ้นทะเบียนรับรองจากกระทรวงสาธารณสุขของไทย โดยได้มีการก่อตั้งเป็น สมาคมแพทย์ฝังเข็มและสมุนไพรแห่งประเทศไทย ซึ่งเป็นสมาคมของกลุ่มแพทย์แผนปัจจุบันที่สำเร็จการฝึกอบรมหลักสูตรวิชาฝังเข็ม ภายใต้ความร่วมมือระหว่างกระทรวงสาธารณสุขไทยกับ มหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีน อาทิ เซี่ยงไฮ้ เฉินตู ปักกิ่ง เป็นต้น และสมาคมได้เข้าเป็นสมาชิกถาวรของสหพันธ์ฝังเข็มโลก (WFAS)  ในนามของ THE ACUPUNCTURE MEDICAL ASSOCIATION OF THAILAND ตั้งแต่ปี พ.ศ.2544 โดยในขณะนั้นสมาคมฯ มีสถานะเป็นชมรมใช้ชื่อว่า “ชมรมแพทย์ฝังเข็มแห่งประเทศไทย ”

         กฤษฎีกา ให้แพทย์แผนปัจจุบัน สามารถรักษาคนไข้โดยการฝังเข็มได้ 
โดย ดร.พงศธร และ ดร.พีรนุช ได้นำ การฝังเข็มสมัยเติ้งเสี่ยวผิง มา ผสมผสานกับศาสตร์ชะลอวัยของอเมริกา รวมทั้งองค์ความรู้ทางด้านอายุรกรรมและศาสตร์ผิวพรรณและความงาม ต่อยอดพัฒนาเพื่อการรักษาที่ดีมากยิ่งขึ้น


         
         
สมาคมได้มีบทบาทสนับสนุน “วิชาการฝังเข็มอย่างถูกหลักวิชาการ ” ให้มีความเจริญก้าวหน้าและเป็นที่รู้จักแก่ประชาชนในวงกว้างกิจกรรมที่สมาคมดำเนินการอยู่ อาทิ ดำเนินการฝึกอบรมวิชาการฝังเข็มขั้นพื้นฐาน โดยจัดอบรมร่วมกับ สถาบันพระบรมราชชนก สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข ดำเนินการจัดการอบรมต่อเนื่องในหลักสูตรฝังเข็ม ขั้นกลาง ขั้นสูง และการฝังเข็มเฉพาะทาง แก่แพทย์ฝังเข็มที่จบการฝึกอบรมวิชาการฝังเข็มขั้นพื้นฐาน  ทำให้การฝังเข็มโดยแพทย์แผนปัจจุบันแพร่หลายมากขึ้น
จุดฝังเข็ม มีที่มาอย่างไร
        สมัยดึกดำบรรพ์มนุษย์รู้จักการบีบนวด ทุบ ตรงตำแหน่งที่ปวดเพื่อบรรเทาอาการปวด ซึ่งเป็นการค้นพบว่าจุดเหล่านั้นรักษาอาการปวดได้เรียกว่าจุดอาซื่อ  ต่อมาจากการสังเกตคุณสมบัติของจุดในการวินิจฉัยและรักษาโรค  จึงได้กำหนดตำแหน่งและชื่อของจุดฝังเข็ม และต่อมาพบว่าเมื่อแทงเข็มและกระตุ้นเข็มตรงจุดๆ หนึ่ง พวกเขาพบว่าผู้ป่วยมักจะเกิดความรู้สึกที่แผ่ขยายไปได้ไกลๆ เสมอ นอกจากนั้นพวกเขามักจะเฝ้าสงสัยถึงปรากฏการณ์ที่จุดในตำแหน่งที่ต่างกันบนร่างกายสามารถรักษาโรคหรืออาการบางอย่างได้เหมือนกัน  จากการสังเกตก็ได้มีการรวบรวมความรู้และประสบการณ์ทางคลินิกทำให้จำนวนจุดฝังเข็มเพิ่มขึ้นเรื่อยๆ จึงได้มีการจัดกลุ่มเชื่อมโยงจุดฝังเข็มที่มีคุณสมบัติคล้ายคลึงเข้าด้วยกันกลายเป็นระบบเส้นลมปราณ

      องค์การอนามัยโลก WHO (World Health Organization) ได้ประกาศยอมรับ โรคที่สามารถรักษาได้โดยการฝังเข็ม